Franjo Kuharić i Franjo Tuđman nisu bili prijatelji, ali u 30 godina poznanstva stvorili su odnos uzajamnog poštovanja. Tuđman je 1979. bio oduševljen nakon dugog razgovara s nadbiskupom. Kuharić mu je pomagao kada mu se sudilo i kada je bio zatvaran početkom osamdesetih. Angažirao se i na izdavanju njegovih "Bespuća".
Bivši general JNA, koji je postao politički disident, kao hrvatski nacionalist imponirao je Kuhariću.
Nakon pobjede Tuđmana i HDZ-a na prvim slobodnim izborima "Kuhariću se jako svidjelo što se predsjednik Tuđman 1990. sastao s vođama glavnih oporbenih stranaka", piše Akmadža. "U svojem je dnevniku pribilježio kako su Tuđmanovi argumenti uvjerljivi i objektivni, ali mu manjka opuštenosti u načinu izlaganja i smiješak koji bi razoružavao i protivnika". Tuđman je 1991. uručio Kuhariću Stepinčeve dnevnike.
Početkom 1992. razgovarali su nasamo. Kuharić se požalio na slučajeve samovolje vlasti. "Spomenuo je i slučaj ubojstva obitelji Zec u Zagrebu, na što je Tuđman rekao da su to učinili kosovci. Kuharić je komentirao da su ti kosovci ipak pripadnici pričuvnog sastava hrvatske policije." Usprkos tome što je uvažavao mnoge kritike oporbe, Kuharić je bio uvjeren da Tuđman kombinacijom pregovaranja, ratovanja i primirja čini jedino što je moguće. Prvo zrnce sumnje pojavilo se kada su počele stizati glasine o Tuđmanovim razgovorima s Miloševićem o podijeli Bosne i Hercegovine.
Potekle su od Josipa Šentije, koji je bio član jedne hrvatsko-srpske radne skupine koja je raspravljala o mogućoj podjeli BiH kako bi se spriječio rat. "Kuharić je odmah zauzeo stav da je riječ o pogrešnoj politici", piše Akmadža, jer je znao da će "Hrvati izgubiti saveznike u muslimanima". Tuđman je kasnije uvjeravao Kuharića "kako je podjela BiH činjenica na samom terenu" i da bi bila prihvatljiva "granica nekadašnje Banovine Hrvatske". Kuharić je bio uvjeren da "pritisak za podjelu BiH čine Hercegovci, čime bi većina bosanskohercegovačkih Hrvata ostala u Velikoj Srbiji". Smatra da je "za Hrvatsku bolja samostalna BiH nego uvijek nemirna i nesigurna granica s velikom Srbijom".
Razlika između Tuđmana i Kuharića u pitanju budućnosti BiH produbila se početkom hrvatsko-muslimanskog rata. Kuharić je najodgovornijima smatrao Darija Kordića i Matu Bobana. I bosanski biskupi krivnju su svaljivali na "hercegovačku politiku", pogotovo kad se pročulo za zločine nekih hrvatskih postrojbi nad muslimanima. "Kuharić je u svojem dnevniku kritizirao Tuđmana što podliježe 'hercegovačkoj politici' koju zanima samo pripajanje Hercegovine Hrvatskoj." Nekoliko puta tražio je razgovor u četiri oka, ali Tuđman je to izbjegavao.
Razgovor koji se dogodio 1994. bio je u širem sastavu, vrlo težak, i nije smanjio razlike. Kad je nekoliko dana kasnije zamoljen da blagoslovi Oltar domovine na Medvedgradu, Kuharić je to odbio. Ljutio se na predsjednikovu službu osiguranja "koja je samovoljno određivala raspored vjernika u zagrebačkoj prvostolnici. Odlučio je da takvo ponašanje više neće dopustiti jer će inače reći Tuđmanu da njegov dolazak pod takvim uvjetima nije poželjan", piše Akmadža.
Godine 1994. papa Ivan Pavao II. dolazi u Hrvatsku, a Kuharić u svojem dnevniku piše kako ga se dojmilo što bivši Titov general, obraćajući se papi, govori kao vjernik i ljubi papi ruku.
Kuharića je smetala "Tuđmanova ideja o zajedničkom grobištu za sve hrvatske žrtve u Jasenovcu". Nikad nije apsolviran ni zahtjev za zabranu pobačaja koji je bio reguliran liberalnim zakonom još iz Jugoslavije. Još sedamdesetih Kuharić je u talijanskom katoličkom tisku Jugoslaviju nazvao "aborterskom državom". Kad se vladajući HDZ želio predstaviti kao kršćansko-demokratska stranka, rekao je da će se "testirati kroz odnos prema pobačaju".
Tuđman se razbolio i Kuharić je s njim mogao često i puno razgovarati jer je bio u mirovini. "Razgovarali su o smislu života, moralu i Bogu, a Tuđman je govorio kao vjernik. Dogovorili su i crkveno ozakonjenje braka Ankice i Franje Tuđmana, bez vanjske pompe... Vjenčanje, tj. obnova privole, obavljena je kod kardinala Kuharića 30. siječnja 1997. u nazočnosti Tuđmanova sina Stjepana i njegove supruge Snježane", piše Akmadža.
Kad mu se stanje pogoršalo, "kardinala Kuharića je 12. studenog posjetio predsjednikov savjetnik Ivić Pašalić. Zamolio je kardinala da predsjedniku podijeli svete sakramente." Kad ga je posjetio u bolnici, "Tuđman nije bio u stanju komunicirati, a kardinal je nad njim molio i udijelio mu svete sakramente", piše Akmadža.
