Zrakoplov japanske Obalne straže, koji se sudario s putničkim zrakoplovom u tokijskoj zračnoj luci, nije dobio dozvolu za polijetanje. Kako otkriva transkript komunikacije između kontrolora zračnog prometa i zrakoplova, let Japan Airlinesa dobio je dopuštenje za slijetanje, ali manji avion nije dobio zeleno svjetlo za polijetanje.
Japanski ministar prometa Tetsuo Saito komentirao je zapis komunikacije između kontrole zračnog prometa i letjelica, rekavši kako ne pokazuje jasno odobrenje polijetanja za zrakoplov Obalne straže, već ga umjesto toga upućuje da dođe do točke čekanja. Posada zrakoplova Obalne straže potvrdila je da je primila upute nekoliko sekundi kasnije, pokazuju transkripti. Otprilike dvije minute poslije, avion Japan Airlinesa sudario se s manjim avionom na pisti.
Još jedan faktor u nesreći bi mogla biti svjetla upozorenja, koja pilote obavještavaju je li pista slobodna, a koja tog dana kad je došlo do sudara u tokijskoj zračnoj luci nisu radila.
Saito je na konferenciji za novinare rekao da se incident još uvijek istražuje i da će sljedeći korak biti preslušavanje audiosnimke razgovora između pilota Obalne straže i tornja kontrole leta. Japanski odbor za sigurnost prometa počeo je istraživati izgorjele olupine aviona.
Zrakoplov Japan Airlinesa u utorak se pri slijetanju sudario s avionom obalne straže te su se oba zapalila. Svih 367 putnika i 12 članova posade putničkog Airbusa A350 uspjelo je pobjeći iz zapaljenog aviona bez većih ozljeda, no petero putnika u zrakoplovu Obalne straže je poginulo. Spasio se samo kapetan, koji je pretrpio teške ozljede.