Godine 1994. jedna od glavnih tema bio je završetak rat u Bosni i Hercegovini i primjena netom potpisanog Washingtonskog sporazuma između Hrvatske i Bosne i Hercegovine. Među ostalim njime se regulirao status Luke Ploče i slobodnog prolaza kroz Neum. "Bilo je to vrijeme nakon sukoba u Bosni i Hercegovini i postavljalo se pitanje Neuma, a bosanska strana tražila je poseban status Luke Ploče. Na jednoj sjednici Kluba HDZ-a kazao sam kako mi kao država ne bismo smjeli dozvoliti ucjenjivanje zbog pitanja prolaska kroz Neum. Tada sam predložio da ozbiljno razmislimo i poduzmemo korake kako bismo to jednom zauvijek riješili i to gradnjom mosta Pelješac. Gradnjom mosta za vijeke vjekova rješavamo taj problem i razvijamo taj dio Hrvatske", prisjeća se danas Luka Bebić, tada zastupnik u Hrvatskom državnom saboru koji je te 1994. godine prvi put predložio gradnju Pelješkog mosta."
Dio kolega prijedlog je shvatio ozbiljno, a dio njih baš i nije bio oduševljen, objašnjava Bebić. Ideja je iznijeta, ali je i brzo zaboravljena. Sve do 1. listopada 1998. godine kada je u Hrvatskom državnom saboru vođena rasprava o prijedlogu Zakona o otocima. U ime Kluba HDZ-a za govornicu je stao Luka Bebić. "Nisam obavijestio stranački Klub što ću govoriti pa su mnogi moje kolege bili iznenađeni kada sam iznio prijedlog o potrebi gradnje Pelješkog mosta u ime Kluba HDZ-a. Ja sam tada prvi službeno u javnosti iznio prijedlog o potrebi njegove gradnje. Na taj je način projekt legaliziran na razini države. Većina mojih stranačkih kolega bila je oduševljena prijedlogom, ali dio nije. Pelješac je nekima od njih bilo daleko i nisu razumjeli zbog čega je potrebna gradnja mosta", ističe Bebić.
U to vrijeme u tijeku je predizborna kampanja za izvanredne izbore za Županijsku skupštinu Dubrovačko-neretvanske županije koji su se održali 11. listopada. Županijski HDZ u izbore ide sa sloganom "Raditi i graditi", a glavni njihov projekt je upravo gradnja mosta kopno – Pelješac. Na izborima za župana izabran je kandidat SDP-a Ivan Šprlje. On 1999. godine postaje gorljivi zastupnik ideje o gradnji mosta i s pozicije župana inicira izmjenu Prostornog plana Dubrovačko-neretvanske županije u koji je Pelješki most uveden 2000. godine.
Predsjednik dr. Franjo Tuđman javno nije zagovarao gradnju mosta, ali je 1999. na jednom sastanku Juri Radiću, ministru obnove i razvitka, Peri Đukanu, direktoru Instituta građevinarstva Hrvatske i Luki Bebiću kazao da rade na projektu, ali da o tome ne izlaze u javnost. Jure Radić tada je i pročelnik Katedre za mostove na Građevinskom fakultetu u Zagrebu. Zadatak izrade prijedloga mosta dobili su dr. Petar Sesar, voditelj Odjela za mostove u IGH, i inženjer mr. Damir Tkalčić. Izradili su dvije varijante. Procijenjeno je kako bi jednostavnija, gredna varijanta stajala oko 70 milijuna eura, a druga, kompliciranija i glamuroznija, s dva velika pilona, više od 200 milijuna eura. Autori rješenja svoj prijedlog su opisali kao most sličan vijaduktu na 30 metara iznad vode.
U to vrijeme na nacionalnoj razini na vlasti je lijeva koalicija predvođena SDP-om koja tada promovira grandiozan Vladin infrastrukturni projekt izgradnje autocesta i nikome u tadašnjoj Vladi most Pelješac nije na pameti. Projekt će još jednom pasti u zaborav.
Sve do jeseni 2003. godine kada na predizbornom skupu HDZ-a, 27. rujna u Splitu, predsjednik stranke Ivo Sanader poručuje: "Ne možemo dopustiti da dva tako važna grada poput Splita i Dubrovnika budu odvojena granicom". Sanader izjavljuje kako je most "sveti cilj stranke" koji će "konačno povezati hrvatski jug i omogućiti hrvatskim građanima da putuju iz jednog kraja Hrvatske u drugi bez putovnice". Biračima poručuje kako će gradnja mosta Pelješac biti glavni infrastrukturni projekt HDZ-a nakon pobjede na izborima. Kada je pobjeda osigurana, novi premijer Ivo Sanader obećanje nije zaboravio i tijekom 2004. godine Katedra za mostove Građevinskog fakulteta u Zagrebu započinje s razradom idejnih rješenja mosta.
"Profesor dr. sc. Jure Radić i dr. sc. Zlatko Šavor na jednom sastanku na Fakultetu 2003. ili 2004. godine kazali su nam da ćemo projektirati most Pelješac i da trebamo napraviti idejno rješenje", prisjeća se dipl. ing. Gordana Hrelja Kovačević i stručna suradnica na Katedri za mostove kojoj će most Pelješac obilježiti sljedećih gotovo 20 godina profesionalne karijere.
Na početku je profil plovnog puta ispod mosta trebao biti 35 metara visine i 150 metara širine. Kako bi most bio što lakši, odmah su se odlučili za čeličnu gredu u svim inačicama prijedloga. U početku je razrađivano više od 10 različitih idejnih rješenja – grede, rešetke, lukovi i ovješeni mostovi. Crtao se i prijedlog s glavnim rasponom od 290 te prijedlog mosta s dva pilona i glavnim rasponom od 390 metara. Prema tadašnjim proračunima, cijena gradnje mosta, ovisno o inačici, kretala se od 180 do 450 milijuna eura. Osim samog mosta, radio se i projekt pristupne ceste koja će most spajati s Jadranskom magistralom D8 te s Pelješcem.
Godine 2005. kreće razrada prijedloga koji je uključivao gredu konstantne visine i glavni raspon od 178 metara s plovnim putem od 150x35 metara te 14 stupova u moru. Most je trebao biti širok 15 metara te imati dvije vozne trake sa zaustavnom trakom. U studenom te godine u Komarnu dolazi premijer Ivo Sanader i otvara radove na mostu iako u tom trenutku nije postojao ni projekt mosta, ni građevinska dozvola i izvođači radova, niti je bilo poznato kako će se financirati.
No 2006. godine na Građevinski fakultet stiže informacija da je s Bosnom i Hercegovinom usuglašena nova visina mosta - 51 metar. Na tome je inzistirala BiH strana, tvrdeći kako će u luku Neum uplovljavati veliki vojni brodovi i kruzeri. "Napravili smo četiri varijante mosta koji je bio visok 51 metar, a glavni raspon mosta bio je između 280 i 330 metara", prisjeća se Hrelja Kovačević. Odabran je prijedlog mosta s pilonima piramidalnog oblika, no njegova razrada kratko traje jer su Hrvatska i Bosna i Hercegovina usuglasile nove dimenzije plovnog puta - širina 200 metara i visina 55 metara. No, premijer Ivo Sanader, Jure Radić i njihovi politički suradnici donose odluku o gradnji mosta s, u tom trenutku, drugim najvećim rasponom u Europi. Odlučeno je da raspon mosta bude čak 568 metara.
Tada se prvi put krenulo s projektiranjem ovješenog mosta s velikim rasponom. Piloni su u toj varijanti visoki 118 metara iznad kolnika i 170 metara iznad mora. Usporedbe radi, piloni na današnjem mostu visoki su 40 metara iznad kolnika. Most dobiva četiri vozne trake, šesnaest stupova i 17 raspona. Širina plovnog puta bila je 440 metara. Ovaj novi projekt s onim prijašnjim praktički je imao samo jednu zajedničku točku – dužinu od 2440 metara.